1998年8月17日,俱乐部总经理戴大洪、球队主教练王随生辞职;俱乐部原副总经理黄志诚出任俱乐部总经理,湖北籍著名教练丁三石受聘担任球队主教练。1998年,河南建业移师新乡体育中心。新乡体育中心的上座率创纪录的达到了场均2.5万人。但是在这一年甲B中,乱相环生,甲B联赛的默契球不断,烟草联盟的传闻似成即成事实,在成都五牛、重庆红岩、云南红塔的轮流夹击之下,10月17日,河南建业足球队降入乙级。 1999年1月15日,河南建业(集团)有限公司与河南省体工大队达成协议,买断省体工大队持有的河南建业足球俱乐部40%股份,俱乐部成为建业集团旗下的独资企业,丁三石再度出任河南建业足球队主教练。1月21日,河南建业集团总裁、河南建业足球俱乐部董事长胡葆森接受《球报》专访,这是胡葆森首次接受全国专业体育报纸的采访。6月9日,河南建业队主教练丁三石“下课”,原主教练王随生重新出任建业队主教练。10月18日,河南建业队在天津河东体育场2:2战平青岛海利丰队,以总成绩3:2淘汰对手,再度由乙级重返甲级行列。10月20日,建业队在天津河东体育场2:1战胜解放军超能队,荣获1999年全国足球乙级队联赛冠军。
在2000年至2006年的七年中,中国足球经历了一系列的变化,2001年打入世界杯,2002年世界杯上糟糕演出,2003年底联赛改革、废甲AB级成立超级甲级联赛;而在这七年的时间里,河南建业渐渐成长成一支甲级劲旅,冲入中超。
2000年,河南建业主场在新乡体育中心,甲B联赛积27分,排在积分榜第8位,队内首席射手前卫宋琦,打入8球,宋琦在当年入选了甲B最佳阵容。
2001年,甲B最热闹的一年,这一年出现了所谓甲B五鼠事件,归根结底,中国足协的赛程赛制是这个事件出现的根本原因,河南建业主场设在新乡。河南队未与甲B五鼠事件沾锅,这一年,米罗西成为河南建业队历史上第一位外籍主教练,拉丁和林道夫担任助教。这个赛季河南建业积29分排在积分榜第7位,队内最佳射手罗马尼亚外援伊万,打入10球。
2002年1月15日,河南建业足球俱乐部股份有限公司成立大会暨主场签约仪式在建业城市花园举行,河南建业将主场移至洛阳西工体育场,8月,河南建业洛阳白马队的第一任外籍教练米罗西下课,门文峰担任代理主帅;9月,门文峰正式成为河南建业队主教练。联赛取得6胜8平8负积26分排第10位。
2003年,河南建业移师郑州航海体育场,2月18日,原大连万达(大连实德前身)队主教练、曾在“十强赛”和世界杯期间担任中国国家足球队助理教练的迟尚斌教练正式入主建业,成为建业队的新任主教练。3月,迟尚斌担任河南建业主帅。在9月20日至11月8日期间,河南建业联赛十轮不败。在末代甲B联赛,河南建业冠名“河南建业河套老窖”取得14胜6平6负获得甲B亚军。
2004年1月12日,建业俱乐部与河南省体育中心联合召开新闻发布会并正式签约,从此能容纳5万人,功能和设施都在全国处于一流的省体育中心成为了建业队的新主场。2004赛季,甲B变更为甲级联赛。2004年1月7日,塞黑籍主帅尼里奇接替迟尚斌成为河南建业主教练,但河南建业在尼克里奇手中表现不佳:2004年10月10日,尼克里奇下课,主帅位置由殷立华接任。河南建业冠名“河南建业红丝带”取得11胜12平9负积45分列中甲第7名。
2005年1月29日,经过多方磋商和选择,建业足球俱乐部最终与新乡体育中心就2005赛季建业主场达成协议,至此建业足球在新乡开始了第六个年头的征战。这个赛季初期,河南建业受到了各种各样的传闻困扰,这个赛季的中甲乱相环生。9月5日,建业集团任命著名作家、集团副总裁张宇先生接替胡总正式出任俱乐部的董事长。殷立华于是年9月11日下课,先由助教陈文杰担任执行教练,紧接着门文峰成为河南建业队主帅。河南建业在2005赛季建业队7胜6平13负积27分排在联赛第10位。
2006年,门文峰率领的河南建业从联赛伊始就占据了冲超的主动,但直到这一年9月份,河南建业才正式提出了冲超的口号,在这样一种气氛之下,河南建业冲入中超联赛。这个赛季河南建业积59分,成绩为18胜5平1负,净胜25球,整赛季仅负1场。获得球队第一个中甲联赛冠军。在俱乐部历史上第一次升入中国足球最高级联赛——中国足球超级联赛。
2007赛季,河南建业坐镇航海体育场,首次参与中国顶级足球联赛中国足球超级联赛。3月11日,首轮轮空的河南建业在客场迎战北京国安,结果河南队从北京队身上拿到了中超第1分;4月29日,中超第8轮,河南建业在主场2-1战胜大连实德,取得队史上首场中超胜利;8月26日,建业在客场2-1逆转山东鲁能,这个赛季他们从卫冕冠军身上拿到了4分;9月下旬,裴恩才接替门文峰成为建业主帅,中超第28轮,在主场3-2战胜2007赛季夺得了联赛冠军的长春亚泰。建业队5胜12平11负列中超第12名。